DNA ve RNA probları arasındaki temel fark, DNA problarının hedef nükleotid dizilerini tamamlayıcı olan DNA parçaları olması, RNA problarının ise hedef dizilerin tamamlayıcı nükleik asit dizileri olan tek iplikli RNA uzantıları olmasıdır.
Bir prob, radyoaktif olarak veya radyoaktif olmayan moleküllerle etiketlenebilen, yapay olarak sentezlenmiş kısa bir DNA veya RNA dizisidir. 100 ila 1000 baz uzunluğunda olabilir. Problar, prob dizisine tamamlayıcı olan hedef nükleotid dizilerinin saptanmasında faydalıdır. Eklendikten sonra, problar tamamlayıcı diziler veya hedef diziler ile hibritlenir ve radyoaktivite taşıdığı için hedef dizilerin tanımlanmasını görünür kılar. Problar, genetik hastalıkların tespiti, viroloji, adli patoloji, babalık testi, DNA parmak izi, RFLP, moleküler sitogenetik, in situ hibridizasyon vb. gibi birçok mikrobiyal ve moleküler alanda önemli moleküler araçlardır.
DNA Sondaları nedir?
DNA probları, tek zincirli DNA uzantılarıdır. Hibridizasyon yoluyla tamamlayıcı nükleik asit dizilerinin (hedef diziler) varlığını saptamak için kullanılabilirler. Bir DNA probu tamamlayıcı dizisiyle hibritlendiğinde, çift sarmallı bir hibrit oluşturur. Bunları tespit etmek için DNA probları genellikle radyoizotoplar, biyotin, epitoplar veya floroforlarla etiketlenir. Biotin ile etiketlenmiş DNA probları, bir dizi enzimatik ve kimyasal yöntemle streptavidin etiketli alkalin fosfataz ile tespit edilebilir.
Şekil 01: DNA Sondası
DNA probunun nükleotid dizisi biliniyor. 100 ila 1000 baz çifti uzunluğunda kısa dizilerdir. Uzun DNA probları rekombinant DNA teknolojisi ile üretilebilir. PCR ve klonlama ile de üretilebilirler. Klinik mikrobiyoloji laboratuvarlarında, bulaşıcı hastalıkların hızlı teşhisi için DNA probları hazırdır.
RNA Probları nedir?
RNA probları, RNA'nın tek iplikli uzantılarıdır. Örnekteki hedef dizilere tamamlayıcı dizilerdir. Genellikle, DNA'nın in vitro transkripsiyonu yoluyla SP6, T7 veya T3 bakteriyofajlarından RNA polimerazları ile sentezlenirler. Uzun RNA probları, lineerleştirilmiş plazmit DNA'dan in vitro transkripsiyon ile üretilebilir. Genel olarak, RNA probları, tamamlayıcı dizilerine DNA problarından daha güçlü ve daha sıkı bağlanır. DNA problarına benzer şekilde, RNA probları da kopyalanırken etiketlenebilir.
DNA ve RNA Sondaları Arasındaki Benzerlikler Nelerdir?
- Hem DNA hem de RNA probları tek sarmallı nükleotid dizileridir.
- Her ikisi de yapay olarak tasarlanmış ve sentezlenmiştir.
- Ayrıca, radyoizotoplar, epitoplar, biyotin veya floroforlar ile etiketlenebilirler.
- Belirli bir DNA veya RNA hedef dizisine karşı güçlü bir afiniteleri vardır.
- Hedef nükleik asit dizilerinin tespiti için çeşitli blotlama ve in situ hibridizasyon tekniklerinde kullanılırlar.
- Her iki prob türü de tamamlayıcı dizileriyle hibritlenebilir.
- Ayrıca mikroorganizmaların tanımlanmasında ve bulaşıcı, kalıtsal ve diğer hastalıkların teşhisinde kullanılırlar.
DNA ve RNA Sondaları Arasındaki Fark Nedir?
DNA probu, hedef diziyi tamamlayan kısa bir DNA dizisidir. Öte yandan, RNA probu, hedef diziyi tamamlayan kısa, tek sarmallı bir RNA dizisidir. Dolayısıyla, bu DNA ve RNA probları arasındaki temel farktır. Ayrıca, DNA probları A, T, C ve G içerirken RNA probları A, U, C ve G içerir.
Ayrıca, DNA ve RNA probları arasındaki diğer bir fark, termodinamik kararlılıklarıdır. RNA probları, DNA problarına kıyasla daha yüksek termodinamik stabilite gösterir.
Aşağıdaki infografik, DNA ve RNA probları arasındaki önemli farkları sıralar.
Özet – DNA ve RNA Sondaları
Bir prob, moleküler hibridizasyon yoluyla DNA veya RNA örneğinde belirli bir dizinin varlığını tespit etmek için kullanılan küçük bir DNA veya RNA fragmanıdır. DNA probları kısa tek sarmallı DNA parçalarıdır, RNA probları ise kısa tek sarmallı RNA dizileridir. Bilinen dizilerdir. RNA problarında termodinamik stabilite, DNA problarından daha fazladır. RNA probları, tamamlayıcı dizilerine, DNA problarının bağlandığından daha sıkı bağlanır. Böylece bu, DNA ve RNA probları arasındaki farkı özetler.
