Serin ve tirozin rekombinaz arasındaki temel fark, serin rekombinazda serin, enzim tarafından bölgeye özgü rekombinasyon sırasında DNA'ya saldırmak için kullanılan nükleofilik amino asit iken, tirozin rekombinazda tirozin kullanılan nükleofilik amino asittir enzim tarafından bölgeye özgü rekombinasyon sırasında DNA'ya saldırmak için.
Siteye özgü rekombinasyon (konservatif bölgeye özgü rekombinasyon), belirli bir dizi homolojisi derecesine sahip segmentler arasında DNA iplik değişiminin gerçekleştiği bir tür genetik rekombinasyon tekniğidir. Bölgeye özgü rekombinazlar, bölgeye özgü rekombinasyon sürecini düzenler. Bu enzimler, serin rekombinaz ailesi ve tirozin rekombinaz ailesi olarak iki aileye ayrılır. İsimler, DNA'ya saldırmak için kullanılan ve bölgeye özgü rekombinasyonda iplik değişimi sırasında DNA'ya kovalent olarak bağlanan yukarıdaki iki rekombinaz sınıfında bulunan korunmuş nükleofilik amino asit kalıntısından gelir.
Serin Rekombinaz nedir?
Siteye özgü rekombinasyon yönteminde, iki kısa DNA dizisi ('hedef site') her iki dizideki belirli noktalarda kesilir ve kesilen uçlar yeni ortaklarla yeniden birleştirilir. Bölgeye özgü rekombinasyon teknolojileri, DNA'nın hedef bölümünü değiştirmek için rekombinaz enzimlerine dayanan genetik mühendisliğindeki genomik araçlardır. Birçok bölgeye özgü rekombinasyon sisteminin, bu DNA yeniden düzenlemelerini farklı amaçlar için gerçekleştirdiği bulunmuştur. Ancak tüm bu rekombinaz enzimleri iki aileye aittir. Serin rekombinaz bunlardan biridir. Üç türe kadar DNA yeniden düzenlemesine aracılık edebilirler: entegrasyon, eksizyon ve inversiyon.
Şekil 01: Serin Rekombinaz
Serin rekombinaz gibi bölgeye özgü rekombinazlar, DNA omurgasını parçaladıkları kısa bir DNA dizisini (hedef bölge) tanıyarak ve ona bağlanarak DNA yeniden düzenlemesini gerçekleştirir. Daha sonra iki DNA sarmalının değişimi ve DNA ipliklerinin yeniden birleşmesi gerçekleşir. Serin rekombinazında serin, enzim tarafından bölgeye özgü rekombinasyon sırasında DNA'ya saldırmak için kullanılan amino asittir. DNA bölünmesi sırasında, protein-DNA bağı, bir transesterifikasyon reaksiyonu yoluyla oluşturulur. Fosfodiester bağı, bölünme bölgesindeki 5'fosfat grubu ile korunmuş bir serin tortusunun hidroksil grubu arasındaki fosfoserin bağı ile değiştirilir. Yeni bağ, hedef bölgede DNA'yı parçalamak için harcanan enerjiyi depolar. Bu enerji daha sonra DNA'yı diğer bölgedeki karşılık gelen deoksiriboz hidroksil grubuna yeniden birleştirmek için kullanılır. Serin rekombinazlarının örnekleri, serin resolvazları/invertazları ve serin integrazlarıdır.
Tirozin Rekombinaz nedir?
Tirozin rekombinaz, koruyucu bölgeye özgü rekombinasyonu düzenleyen diğer enzim sınıfıdır. Daha önce tarif edildiği gibi, tirozin rekombinaz aynı şekilde DNA omurgasını parçaladıkları kısa bir DNA dizisini (hedef bölge) tanıyarak ve ona bağlanarak DNA yeniden düzenlemesini de gerçekleştirir. Daha sonra iki DNA sarmalının değiş tokuşu ve DNA zincirlerinin yeniden birleşmesi gerçekleşir.
Şekil 02: Tirozin Rekombinaz
Fakat tirozin rekombinazda, tirozin, enzim tarafından bölgeye özgü rekombinasyon sırasında DNA'ya saldırmak için kullanılan amino asittir. Bu sınıfın ortak özelliği, bir 3'-fosfotirozin bağı oluşturmak için kesilebilir DNA-fosfata saldıran korunmuş bir nükleofilik tirozin kalıntısıdır. Tirozin rekombinazları (A1) ve tirozin integrazları (A2), tirozin rekombinaz enzim ailesinde öne çıkan enzim gruplarıdır.
Serin ve Tirozin Rekombinaz Arasındaki Benzerlikler Nelerdir?
- Onlar bir rekombinaz enzim sınıfıdır.
- Her ikisi de siteye özel rekombinasyonu düzenler.
- Onlar proteindir.
- Temel kimyasal reaksiyon her ikisi için de aynıdır.
- Her ikisi de transesterifikasyon reaksiyonlarını katalize eder.
Serin ve Tirozin Rekombinaz Arasındaki Fark Nedir?
Serin rekombinazında serin, enzim tarafından bölgeye özgü rekombinasyon sırasında DNA'ya saldırmak için kullanılan nükleofilik amino asittir. Öte yandan, tirozin rekombinazda tirozin, enzim tarafından bölgeye özgü rekombinasyon sırasında DNA'ya saldırmak için kullanılan nükleofilik amino asittir. Bu, serin ve tirozin rekombinaz arasındaki temel farktır. Serin rekombinazın ortak özelliği, bölgeye özgü rekombinasyon işlemi sırasında DNA ile bir fosfoserin bağı oluştururken, tirozin rekombinazın DNA ile bir fosfotirozin bağı oluşturmasıdır.
Aşağıdaki infografik, serin ve tirozin rekombinaz arasındaki farkları tablo biçiminde listeler.
-
Tablo Şeklinde Serin ve Tirozin Rekombinaz Arasındaki Fark
Özet – Serin ve Tirozin Rekombinaz
Rekombinasyon, homolog rekombinasyonunda olduğu gibi benzer DNA molekülleri arasında veya homolog olmayan rekombinasyonda olduğu gibi farklı moleküller arasında meydana gelebilir. Bölgeye özgü rekombinasyon, DNA zinciri değişiminin en azından belirli bir derecede dizi homolojisine sahip segmentler arasında gerçekleştiği bir tür genetik rekombinasyondur. Rekombinazlar tarafından katalize edilir. Çoğu rekombinaz iki aileye ayrılır: serin rekombinaz ve tirozin rekombinaz. Serin rekombinaz, bölgeye özgü rekombinasyon işlemi sırasında DNA'ya saldırmak için nükleofilik amino asit olarak serin kullanır. Tirozin rekombinaz, bölgeye özgü rekombinasyon işlemi sırasında DNA'ya saldırmak için nükleofilik amino asit olarak tirozini kullanır. Bu nedenle, serin ve tirozin rekombinaz arasındaki temel fark budur.
