shRNA vs siRNA
RNA interferansı (RNAi) işlemi sırasında, bir hedef genin ekspresyonu, yüksek özgüllük ve seçicilikle durdurulur. RNAi doğal bir süreçtir ve küçük enterferans yapan RNA (siRNA) ve kısa firkete RNA (shRNA) ve iki işlevli shRNA'yı içerir. Şu anda, RNAi kişiselleştirilmiş kanser tedavisi için bir araç olarak yaygın olarak kullanılmaktadır. RNAi uygulamaları temel olarak kimyasal olarak sentezlenen çift sarmallı siRNA ve vektör bazlı shRNA molekülleri ile yapılır. Bu iki molekül benzer işlevsel sonuçlara sahip olsalar da yapıları bakımından farklılık gösterirler; dolayısıyla bu iki molekülün moleküler etki mekanizmaları, RNA yolakları ve hedef dışı etkileri de farklıdır.
shRNA
shRNA, RNAi sırasında bir hedef gen ekspresyonunu susturmak için kullanılabilen sıkı bir firkete dönüşü yapan küçük RNA molekülü dizisidir. shRNA'nın ekspresyonu, bir virüs veya bakteri olabilen bir vektör veya plazmitlerin verilmesi ile sağlanır. Hücre çekirdeğinde sentezlenirler ve sonraki işlemler için sitoplazmaya taşınırlar. Bu moleküller, miRNA'nın benzer olgunlaşma yollarına sahiptir; böylece miRNA sentezi, shRNA sentezinin anlaşılması için zemin hazırlamıştır. RNA polimeraz II veya III, shRNA'yı RNA polimeraz II veya III promotörleri aracılığıyla kopyalayabilir. shRNA'ların kullanımının avantajı, nispeten düşük bozulma ve devir hızına sahip olmalarıdır. Dezavantajı, bazı güvenlik sorunlarına neden olabilecek bir ifade vektörüne ihtiyaç duymasıdır.
siRNA
siRNA'lar, uzunlukları 20-25 baz çiftinden oluşan çift sarmallı RNA molekülleridir. Bunlar, RNAi yolunda tamamlayıcı nükleotid dizilimi olan herhangi bir geni susturarak gen bastırma için kullanılır.siRNA'nın transfeksiyonu ile gen yıkımı, geçici etki nedeniyle genellikle başarısız olur; özellikle hızlı bölünen hücrelerde ve baskılanma daha uzun sürmez. Bu sorunun üstesinden gelmek için siRNA, kısa bir firkete yapısı getirilerek değiştirilir. Bu değiştirilmiş molekül daha sonra shRNA olarak bilinir. shRNA, normal işlevini sürdürmek için bir Dicer tarafından siRNA'ya dönüştürülmelidir.
shRNA ve siRNA arasındaki fark nedir?
• siRNA'nın aksine, shRNA ekstra bir saç tokası yapısına sahiptir. shRNA, siRNA'nın değiştirilmiş bir versiyonudur.
• shRNA bir ifade vektörü gerektirirken siRNA gerektirmez.
• shRNA uzun süreli devre dışı bırakma için kullanılabilirken siRNA yalnızca kısa süreli gen yıkımı için kullanılabilir.
• siRNA'nın gen baskılanmasının aksine, shRNA'nın baskılanması uzun sürelidir ve uygun bir viral vektör yoluyla eklenirse kalıcı gen susturma etkileri üretebilir.
• Dicer, normal işlevlerini yerine getirebilmesi için shRNA'yı tekrar siRNA molekülüne dönüştürmek için gereklidir.
