Cosmid ve Phagemid arasındaki temel fark, içerdiği dizilerin türüdür. Bir Cosmid, bir cos sitesi ve bir plazmit içerir. Bu nedenle, bir hibrit vektördür, bir Phagemid ise F1 fajının F1 replikasyon orijinini içeren bir plazmittir.
Kozmitler ve Fagemidler, klonlama amacıyla, özellikle daha büyük DNA parçalarını klonlamak için kullanılır. Bunlar, özellikle çeşitli proteinlerin üretiminden sorumlu genlerin klonlanmasında yaygın olarak kullanılmaktadır. Kozmidler ve Fagemidler ya plazmitler olarak tek başına kopyalanır ya da viral partiküller halinde paketlenir ve ardından kopyalanır.
Kozmit nedir?
Bir hibrit plazmit olarak adlandırılan kozmid, Lambda faj partiküllerinden ekstrakte edilen cos sitelerini ve bir plazmiti içerir. Bu cos siteleri, 200 baz çifti olan uzun DNA parçalarıdır. Bu nedenle, plazmitin viral DNA'ya uymasını sağlayan yapışkan veya yapışkan uçlara sahiptirler. Bu nedenle, cos siteleri DNA'nın paketlenmesi için hayati öneme sahiptir.
Üç cos sitesi var;
- cosN sitesi – terminaz aktivitesi ile DNA zincirinin kesilmesinde yer alır
- cosB sitesi – terminazı elinde tutuyor.
- cosQ sitesi – DNA'nın DNazlar tarafından bozulmasının önlenmesinde rol oynar.
Şekil 01: Kozmid
Ayrıca, Kozmidler uygun bir replikasyon orijini kullanarak tek zincirli DNA'yı veya çift zincirli DNA'yı çoğ altabilir. Kozmidler genellikle transformantların seçimi için işaretler olarak antibiyotik direnç genleri içerir. Böylece, bir vektör olarak bir kozmidin kullanılması klonlamayı kolaylaştırabilir ve vektörün kısıtlama enzimi sindirimi daha sonra bu parçaları çıkarabilir.
Fagemid (Phasmid) nedir?
Phasmid olarak da adlandırılan Phagemid, aynı zamanda bir tür hibrit vektördür. Phagemid, replikasyonun f1 orijini olarak adlandırılan özel bir replikasyon orijini içerir. F1 replikasyonunun kaynağı, bir f1 fajından çıkarılır.
Phagemid, hem tek sarmallı hem de çift sarmallı DNA'yı çoğ altabilir. Replikasyon, bağımsız replikasyon sırasında bir plazmit olarak yer alabilir veya faj partikülleri halinde paketlenebilir ve sonunda bakteriyel konakçı E. coli'yi enfekte edebilir. E coli hücrelerini enfekte ederken, f1 fajı bir pilusun varlığını gerektirir. Bu nedenle, Fagemidlerin in vitro paketlenmesi sırasında seks pili önemlidir.
Cosmid ve Phagemid Arasındaki Benzerlikler Nelerdir?
- Cosmid ve Phagemid, rekombinant DNA teknolojisinde kullanılan klonlama vektörleridir.
- Cosmid ve Phagemid, tek sarmallı ve çift sarmallı DNA'yı çoğ altabilir.
- Her ikisi de plazmitlere benzer şekilde bağımsız replikasyona uğrayabilir.
- Cosmid ve Phagemid in vitro paketlemeye tabi tutulabilir ve bakteri hücrelerini enfekte edebilir.
- Hem Cosmid hem de Phagemid, klonlama için uygun bir replikasyon kaynağı gerektirir.
Cosmid ve Phagemid Arasındaki Fark Nedir?
Cosmid vs Phagemid |
|
| Kozmit, bir cos sitesi ve bir plazmit içeren melez bir vektördür. | Fagemid, F1 fajının replikasyonunun F1 kaynağını içeren bir plazmittir. |
| Cos Sitelerinin Varlığı | |
| Cos siteleri kozmidde bulunur ve in vitro paketleme için gereklidir. | Cos siteleri phagemid'de yok. |
| F1 Replikasyonun Kaynağı | |
| Kozmidde, replikasyonun kaynağı olabilir veya olmayabilir. | F1 replikasyonun kaynağı, fajmidde mevcut. |
| Antibiyotik Dirençli Genlerin Varlığı | |
| Antibiyotik dirençli genler, transformant olmayanlardan transformantları tanımlamak için kozmidlerde bulunur. | Fagemidlerde antibiyotiğe dirençli genler yoktur. |
| In Vitro Ambalaj Gereksinimi | |
| Bir cos sitesi gerektirir. | Seks pilusu gerektirir. |
Özet – Cosmid vs Phagemid
Cosmid ve Phagemid, rekombinant DNA teknolojisinde kullanılan klonlama vektörleridir. Kozmidler, cos siteleri olarak bilinen özel yapışkan uçlar içeren hibrit vektörlerdir. in vitro paketleme bu cos sitelerini gerektirir. Fagemidler, f1 fajından çıkarılan bir f1 replikasyon kaynağı içeren plazmitlerdir. Hem kozmid hem de fajmid, bakteri hücrelerine bağımsız replikasyona veya in vitro paketlemeye tabi tutulabilir. Bunlar kozmid ve fajmid arasındaki önemli farklardır.
