GFP ve EGFP arasındaki temel fark, GFP'nin memeli olmayan hücrelerin moleküler klonlanmasında yer alan vahşi tip bir protein olması, EGFP'nin ise memeli hücrelerinde kullanılabilen geliştirilmiş veya tasarlanmış bir GFP türüdür.
Moleküler klonlama, bilim adamlarının rekombinant teknoloji aracılığıyla proteinleri ifade etmede son derece kullandığı gelişmiş bir tekniktir. Rekombinant DNA teknolojisinde, rekombinant vektörün konak organizmaya başarılı bir şekilde dönüştürülmesi gerekmektedir. Bu nedenle, transformasyon işlemi sırasında, ilgilenilen genin konakçıya dönüştürülüp dönüştürülmediği belirlenmeli ve onaylanmalıdır. Bunu değerlendirmek için moleküler biyologlar çeşitli teknikler benimserler. Bu tekniklerden biri raportör gendir. Bu haberci genler, doğru transformantları seçmek için seçilebilir işaretler olarak hareket eder. Bu nedenle, Yeşil Floresan Protein (GFP) ve Gelişmiş Yeşil Floresan Protein (EGFP), moleküler klonlamada kullanılan iki raportör proteindir.
GFP nedir?
GFP, 238 amino asit kalıntısı ve onu diğer floresan proteinlerden ayıran birkaç seçilebilir amino asit dizisi bölgesi içeren vahşi tipte bir proteindir. Ayrıca, bu vahşi tip protein orijinal olarak Aequorea Victoria'dan izole edilmiştir; bir denizanası türü. Bununla birlikte, doğal olaylarda, denizanası belirli uyaranlara tepki olarak yeşil renk floresansı üretebildi.
Daha önce, bu kavram bilim insanlarını şaşırttı ve onu rekombinant DNA teknolojilerinde kullanmaya karar verdiler. Sonuç olarak, bilim adamları, gen ekspresyonu çalışmalarında, vahşi tip genin bu mutant formunu bir raportör gen olarak kullandılar. GFP'nin vahşi tip geni, oda sıcaklığında veya UV ışığı altında floresan veren bir protein üretebilir. Bu nedenle, transformantlara eklendiğinde floresan ifade eder ve üretir. Floresan, transformasyon işleminden sonra ortaya çıkarsa, transformasyon işleminin başarısını doğrular. Basit bir deyişle, floresan emisyonu, ilgili geni taşıyan vektörün konakçıya başarılı bir şekilde dönüştürüldüğünü bildirir.
Şekil 01: GFP
Bu nedenle GFP, gen ekspresyonunun in vivo bir belirteci olarak işlev görür. Şu anda, GFP üretmek için genetik mühendisliği teknikleri kullanılmaktadır. Ayrıca, EGFP gibi birçok geliştirilmiş GFP sürümü mevcuttur. Dolayısıyla bu, moleküler klonlama ve gen ekspresyonu çalışmalarında GFP'nin verimli bir şekilde kullanılmasını sağlar.
EGFP nedir?
Geliştirilmiş Yeşil Floresan Protein veya EGFP, GFP'nin geliştirilmiş bir sürümüdür. Basit bir deyişle, EGFP'yi vahşi tip GFP'nin tasarlanmış bir versiyonu olarak tanımlayabiliriz. GFP'nin vahşi tip geni mutasyona uğradığında, faydalı etkiler üretir. Bu nedenle, mutasyona uğramış GFP geni, yeni karakterlerin ifadesine izin verir ve bunun bir sonucu olarak, geliştirilmiş özelliklere sahip Gelişmiş GFP üretebiliriz. Ayrıca, radyasyon veya kimyasal yöntemler kullanarak vahşi tip GFP genine başarılı bir şekilde mutasyonlar sokabiliriz. Bu mutasyona uğramış genler daha sonra daha faydalı özelliklere sahip olan EGFP'yi üretir.
Şekil 02: EGFP
EGFP'nin geliştirilmiş özellikleri aşağıdaki gibidir;
- Daha güçlü floresan sinyalleri yayabilir.
- Yüksek hassasiyete sahiptir.
- Prokaryotlar ve diğer düşük seviyeli ökaryotlar yerine memeli hücrelerinde kullanabilir.
- Ayrıca ürünün saflığının artmasını sağlar.
Bu nedenle, GFP ile karşılaştırıldığında, EGFP gen ekspresyonu çalışmaları için tercih edilen seçimdir. Ancak ürün, GFP'ye kıyasla daha pahalıdır.
GFP ve EGFP Arasındaki Benzerlikler Nelerdir?
- GFP ve EGFP, yeşil renk yayma yeteneğine sahip iki proteindir
- Bu nedenle, gen ekspresyon çalışmalarında her ikisi de haberci proteinler olarak işlev görür.
- Ayrıca, her ikisini de rekombinant DNA teknolojisi kullanarak sentezlemek mümkündür.
- Ayrıca, geliştirilmiş formları sentezlemek için bu iki türü daha fazla mutasyona uğratmak kolaydır.
GFP ve EGFP Arasındaki Fark Nedir?
Raportör gen, rekombinant DNA teknolojisinde ilgilenilen gen ile bağlanan bir gendir. Rekombinant vektörün konakçıya başarılı dönüşümünü işaret eder. Burada GFP ve EGFP, haberci proteinler olarak çalışan iki tür yeşil floresan proteindir. Bununla birlikte, GFP ve EGFP arasındaki temel fark, GFP'nin vahşi tip olması, EGFP'nin ise GFP'nin tasarlanmış bir versiyonu olmasıdır. Ayrıca, EGFP, GFP'den daha faydalı özelliklere sahiptir. Örneğin, EGFP daha güçlü floresan ışığı üretir ve GFP'den daha hassastır. GFP ve EGFP arasındaki diğer bir fark ise bunları kullanabileceğimiz sistemlerdir. Memeli olmayan sistemler GFP kullanırken memeli sistemler EGFP kullanır.
Aşağıdaki infografik, GFP ve EGFP arasındaki farkı tablo şeklinde sunar.
Özet – GFP ve EGFP
GFP ve EGFP, moleküler klonlama ve gen ekspresyonu çalışmalarında raportör proteinlerdir. GFP, yeşil bir floresan protein olan vahşi tip proteindir. Protein başlangıçta denizanası Aequorea victoria'dan izole edildi. Buna karşılık, EFGP, geliştirilmiş bir GFP proteini şeklidir. Gelişmiş özelliklere sahip vahşi türün bir mutantıdır. Bu nedenle, EFGP daha yüksek sinyal gücüne ve daha yüksek hassasiyete sahiptir. Bu nedenle, memeli vektörlerinde kullanabiliriz. Buna karşılık, GFP'nin kullanımı esas olarak yalnızca memeli olmayan vektörler üzerindedir. Genel olarak, GFP ve EGFP arasındaki fark budur.
