Shine Dalgarno ve Kozak dizisi arasındaki temel fark, Shine Dalgarno dizisinin bakteriyel ve arkeal haberci RNA'da ribozomal bir bağlanma yeri olması, Kozak dizisinin ise çoğu ökaryotik haberci RNA'da bir protein translasyonu başlatma yeri olmasıdır.
Shine Dalgarno ve Kozak dizisi, çevirinin başlatılması için çok önemli olan iki konsensüs dizisidir. Moleküler biyolojide translasyon, sitoplazmadaki ribozomların transkripsiyon işleminden sonra proteinleri sentezlediği süreçtir. Translasyonda, çekirdeğin dışında spesifik bir amino asit zinciri üretmek için bir ribozomda bir mRNA (haberci RNA) kodu çözülür. Tipik olarak, bir ribozom, tamamlayıcı tRNA antikodon dizilerinin mRNA kodonlarına bağlanmasını kolaylaştırarak kod çözme sürecini indükler. Çeviri üç aşamada ilerler: başlatma, uzama ve sonlandırma.
Shine Dalgarno Sekansı Nedir?
Shine Dalgarno dizisi, bakteriyel ve arkeal haberci RNA'da ribozomal bir bağlanma bölgesidir. Genellikle başlangıç kodonu AUG'nin yaklaşık 8 baz yukarısında bulunur. Bu RNA dizisi, ribozomu bir mRNA başlangıç kodonu ile hizalayarak, haberci RNA'ya ribozomların alınmasına yardımcı olur. Böylece protein sentezini başlatır. İşe alımdan sonra, tRNA, mRNA kodonlarının dikte ettiği sırayla amino asitleri ekleyebilir. Bu özel dizi, bakterilerde yaygındır, ancak arkelerde daha nadirdir. Ayrıca, kloroplast ve mitokondriyal transkriptlerde de bulunur. Shine Dalgarno dizisi ilk olarak Avustralyalı bilim adamları John Shine ve Lynn Dalgarno tarafından önerildi. Altı bazlı konsensüs dizisi AGGAGG'dir. Örneğin, Escherichia coli'de dizi AGGAGGU'dur.
Şekil 01: Shine Dalgarno Sekansı
Başlangıç bölgesinin seçimi (AUG), ribozomun 30S alt birimi ile mRNA şablonu arasındaki etkileşime bağlıdır. 30S alt biriminin 16srRNA bileşeni üzerindeki pirimidin bakımından zengin bölge, mRNA'daki AUG başlatma kodonunun yukarısındaki Shine Dalgarno dizisi olarak bilinen pürinden zengin bölgeye bağlanır. Ayrıca, başlatma kompleksinin oluşumu sırasında, bu tamamlayıcı nükleotid dizileri, çift sarmallı bir RNA yapısı oluşturmak üzere eşleşir. Bu, başlatma kodonu ribozomun P bölgesine yerleştirilecek şekilde mRNA'nın bir ribozoma bağlanmasını kolaylaştırır.
Kozak Dizisi Nedir?
Kozak dizisi, çoğu ökaryotik mRNA'da bir protein translasyonu başlatma bölgesidir. Bu diziye Kozak konsensüs dizisi de denir. Kozak dizisi, ökaryotlarda translasyonu başlatmak için en uygun dizidir. Bu dizi, protein düzenlemesinin ayrılmaz bir yönüdür. Genel hücre sağlığı için de çok önemlidir. Ribozom montajına ve çevirinin başlatılmasına aracılık ederek genetik mesajlardan protein çevirisinin düzeltilmesine yardımcı olur.
Şekil 02: Kozak Dizi
Bu dizi, onu keşfeden bilim adamı Marilyn Kozak'ın adını almıştır. DNA genomik dizilerinin ayrıntılı bir analiziyle keşfetti. Kozak dizisi 5' (gcc) gccRccAUGG-3' şeklindedir. Büyük harfler korunan bazları, küçük harfler ise ortak değişken bazları gösterir. R, her zaman bu konumda bulunan bir pürini (adenin veya guanin) belirtir.
Shine Dalgarno ve Kozak Sequence Arasındaki Benzerlikler Nelerdir?
- Shine Dalgarno ve Kozak dizisi, çeviri başlangıcında çok önemli olan iki konsensüs dizisidir.
- Her ikisi de RNA dizisidir.
- Ribozomun daha küçük alt birimi her iki diziye de bağlanır.
- Her iki dizi de uygun ribozom montajına ve çeviri başlangıcına aracılık eder.
- Onlar, protein düzenlemesinin ve genel hücresel sağlığın ayrılmaz yönleridir.
Shine Dalgarno ve Kozak Sequence Arasındaki Fark Nedir?
Shine Dalgarno dizisi, bakteriyel ve arkeal haberci RNA'da bulunan bir ribozomal bağlanma bölgesidir, Kozak dizisi ise çoğu ökaryotik haberci RNA'da bulunan bir protein translasyon başlatma bölgesidir. İşte Shine Dalgarno ve Kozak dizisi arasındaki temel fark budur. Ayrıca Shine Dalgarno dizisi 5'AGGAGGU3' iken, Kozak dizisi 5' (gcc) gccRccAUGG-3' şeklindedir.
Aşağıdaki infografik, Shine Dalgarno ve Kozak dizisi arasındaki farkları yan yana karşılaştırma için tablo biçiminde listeler.
Özet – Shine Dalgarno vs Kozak Sequence
Shine Dalgarno ve Kozak dizileri, ribozom montajı ve translasyonun başlatılması için çok önemli olan iki konsensüs RNA dizisidir. Shine Dalgarno dizisi, bakteriyel ve arkeal haberci RNA'da ribozomal bir bağlanma bölgesiyken, Kozak dizisi çoğu ökaryotik haberci RNA'da bir protein translasyon başlatma bölgesidir. Böylece Shine Dalgarno ve Kozak dizisi arasındaki farkı özetler.
