Anahtar Fark – DNA ve RNA Ekstraksiyonu
DNA ve RNA çalışması moleküler biyoloji, biyoteknoloji ve genetiğin temel kavramlarını anlamak için hayati önem taşır. Bu çalışmalar sırasında deneysel işlemlerin yapılabilmesi için saf DNA ve RNA örneklerinin ekstraksiyonu gereklidir. DNA ve RNA ekstraksiyonu arasındaki temel fark, DNA ekstraksiyonu işleminin DNA'yı, RNA ekstraksiyonu RNA'yı saflaştırmasıdır. DNA ekstraksiyon işleminin üç farklı adımı vardır: hücre lizizi ve membran lipidlerinin ve proteinlerinin katabolizması, katabolitlerin konsantre tuz çözeltisi ile kümelenmesi ve DNA'nın etanol ile çökelmesi. Üç adımlı prosedür, iki isteğe bağlı adımdan oluşabilir. RNA saflaştırma işlemi dört farklı adımdan oluşur: hücre lizizi için guanidyum tiyosiyanat ilavesi, ribonükleazlar dahil protein denatürasyonu, kloroform ve fenol ilavesiyle RNA'nın ayrılması ve çökeltinin etanol kullanılarak yıkanması.
DNA Ekstraksiyonu Nedir?
DNA ekstraksiyonu, bir numuneden DNA'yı saflaştırmak için kullanılan fiziksel ve kimyasal bir işlemdir. DNA ekstraksiyonu, moleküler biyoloji ve adli bilimler bağlamında önemli bir husustur. Süreç üç temel adımdan oluşmaktadır. Başlangıçta, ilgilenilen hücreler elde edilmelidir. Daha sonra, hücreyi açan ve DNA ile birlikte sitoplazmayı ortaya çıkaran hücre zarını kırmak için hücre parçalanması kolaylaştırılır. Sürfaktanlar veya diğer deterjanlar, mevcut proteinler proteazlar tarafından katabolize edilirken hücre zarından lipidleri parçalamak için kullanılabilir. Bu, isteğe bağlı bir adımdır. Hücre parçalandıktan sonra, katabolize olmuş moleküllerin kümelenmesi, konsantre tuz çözeltileri ile kolaylaştırılır. Bunu, kalıntı kümelerini DNA'dan ayıran çözeltinin santrifüjlenmesi takip eder. Bu aşamada farklılaşan DNA, hücre döngüsü sırasında kullanılan reaktifler ve tuzlarla karıştırılır.
Şekil 01: DNA ekstraksiyonu
Daha fazla saflaştırmak için aşağıdaki adımlar kullanılabilir. Bir yöntem, buz gibi soğuk etanolün ayrılmış DNA örneği ile karıştırılmasını içeren etanol çökeltmesidir. DNA alkolde çözünmez ve bu nedenle DNA moleküllerinin birlikte toplanması nedeniyle bir pelet üretir. İyonik gücü artırarak çökelme derecesini arttırmak için bu işleme sodyum asetat eklenir. Bunun için etanol çöktürme işlemine ek olarak fenol-kloroform ekstraksiyon işlemi de başlatılabilir. Bu yöntemde fenol, numunede bulunan proteinleri denatüre eder. Santrifüj edildikten sonra, denatüre proteinler organik fazda kalırken, kloroform ile karıştırılan DNA molekülleri sulu fazda mevcut olacaktır. Kloroform, fenol kalıntılarını giderecektir. Ekstraksiyon tamamlandıktan sonra DNA, TE tamponu veya ultra saf su içinde çözülmüş halde tutulur.
RNA Ekstraksiyonu nedir?
RNA saflaştırma, RNA'nın biyolojik bir örnekten saflaştırıldığı bir işlemdir. Hücrelerde ve dokularda ribonükleaz varlığı nedeniyle bu süreç karmaşıktır. Ribonükleaz enzimi, RNA'yı hızla parçalama yeteneğine sahiptir. Ribonükleazların kimyasal yapısı son derece kararlıdır ve onları etkisiz hale getirmek zordur. Ribonükleazları nötralize etmek bir seçenektir. Bu enzim hücre ve dokularda her yerde bulunduğundan, RNA ekstraksiyonu için özel teknikler geliştirilmiştir. Birçok yöntemden yaygın olanı Guanidinium tiyosinat-fenol-kloroform ekstraksiyonudur.
Şekil 02: RNA Ekstraksiyonu
Guanidinyum tiyosinat-fenol-kloroform ekstraksiyon yöntemi, santrifüjleme ve faz ayrımına bağlıdır. Santrifüj edilecek karışım, sulu numune ile fenol ve kloroformdan oluşan suya doymuş bir çözeltiden oluşur. Santrifüj edildikten sonra çözelti, nötr pH koşulları (pH 7-8) altında bir üst sulu faz ve bir alt organik fazdan oluşur. RNA sulu fazda bulunur. Organik faz tipik olarak fenolde çözünmüş proteinlerden ve kloroformda çözünmüş lipitlerden oluşur. Bir kaotropik ajan (su molekülleri arasındaki hidrojen bağlarını kırma yeteneğine sahip bir molekül) eklenir; bu, guanidinyum tiyosiyanat olarak bilinir. Bu ajan, RNA'yı parçalayabilen ve hücre lizisine katılan ribonükleazları içeren proteinleri denatüre etme yeteneğine sahiptir. Ayrıca rRNA'yı ribozomal proteinlerden ayırır. RNA saflaştırmasının son aşaması, sulu fazın çökeltilmesinin etanol ile yıkanmasıdır. RNA, sıvı nitrojen kullanılarak da saflaştırılabilir.
DNA ve RNA Ekstraksiyonu Arasındaki Benzerlikler Nelerdir?
- Her iki ekstraksiyon işleminde fenol ve kloroform gibi zararlı kimyasallar kullanılır.
- Santrifüjleme, her iki işlem için de temel bir tekniktir.
- Etanol, çökeltiyi yıkamak ve saflaştırılmış DNA veya RNA elde etmek için kullanılır.
DNA ve RNA Ekstraksiyonu Arasındaki Fark Nedir?
DNA ve RNA Ekstraksiyonu |
|
| DNA ekstraksiyonu, bir organizmadan veya numuneden DNA elde eden bir işlemdir. | RNA ekstraksiyonu, bir numuneden RNA çıkarma işlemidir. |
| Adımlar | |
| DNA ekstraksiyon işlemi, isteğe bağlı iki adımla üç farklı adımdan oluşur. | RNA ekstraksiyon işlemi dört farklı adımdan oluşur. |
| Reaktifler | |
| Sürfaktanlar, proteazlar (isteğe bağlı), alkol, kloroform, fenol, sodyum asetat DNA ekstraksiyonu için kullanılır. | Guanidyum tiyosiyanat, kloroform, fenol, etanol RNA ekstraksiyonu için kullanılır. |
Özet – DNA ve RNA Ekstraksiyonu
DNA ve RNA ekstraksiyonu, moleküler biyoloji, genetik ve biyoteknoloji çalışmaları için deneysel prosedürlerin hayati yönleridir. Her iki işlem de benzer reaktifleri içerir, ancak RNA ekstraksiyonu, ribonükleazların aktivitesini az altan Guanidium tiyosiyanat olarak bilinen özel bir reaktif kullanır. DNA ve RNA ekstraksiyonu arasındaki temel fark budur.
DNA ve RNA Ekstraksiyonunun PDF Versiyonunu İndirin
Bu makalenin PDF sürümünü indirebilir ve alıntı notuna göre çevrimdışı amaçlarla kullanabilirsiniz. Lütfen PDF sürümünü buradan indirin DNA ve RNA Ekstraksiyonu Arasındaki Fark
