BLAST ve FastA arasındaki temel fark, BLAST'ın Ulusal Biyoteknoloji Bilgi Merkezi web sitesinde bulunan temel bir hizalama aracı olması, FastA'nın ise Avrupa Biyoinformatik Enstitüsü web sitesinde bulunan bir benzerlik arama aracı olmasıdır.
BLAST ve FastA, farklı türlerin DNA, amino asitler, proteinler ve nükleotidlerin biyolojik dizilerini karşılaştırmak ve benzerliklerini aramak için yaygın olarak kullanılan iki yazılımdır. Bu algoritmalar hız göz önünde bulundurularak yazılmıştır. Çünkü bilim adamları 1980'lerin ortalarında laboratuvarda DNA'yı izole edebildiklerinde, daha ileri araştırmalar için yüksek hızda karşılaştırma ve özdeş genler bulma ihtiyacı ortaya çıktı. Bu nedenle, bu iki yazılım, kullanıcının sorgu dizileriyle benzer dizileri hızlı bir şekilde aramasını sağlayacak şekilde geliştirilmiştir.
BLAST, Temel Yerel Hizalama Arama Aracı'nın kıs altmasıdır ve iki diziyi karşılaştırırken yerelleştirilmiş yaklaşımı kullanır. FastA, A'nın Tümü anlamına geldiği Fast A'ya atıfta bulunan bir yazılımdır. Burada yazılım, DNA dizilimi için Fast A ve protein için Fast P gibi alfabelerle çalışır. Hem BLAST hem de FastA, herhangi bir genom veritabanını karşılaştırmada çok hızlıdır ve bu nedenle, zamandan tasarruf etmenin yanı sıra parasal olarak da çok uygundur.
BLAST nedir?
BLAST, 1990'da geliştirilen en yaygın kullanılan biyoinformatik yazılımlarından biridir. O zamandan beri, NCBI sitesinde herkes tarafından kullanılabilir. Ayrıca, herhangi bir kişi bu yazılıma erişebilir ve kullanabilir. Ayrıca BLAST, FastA formatında girdi verisine veya dizilere ihtiyaç duyan bir yazılımdır. Ancak çıktı verilerini düz metin, HTML veya XML biçiminde verir. BLAST, iki dizi arasındaki yerel benzerlikleri arama ve benzer dizileri kısa listeleme ilkesiyle çalışır ve bundan sonra komşuluk benzerliklerini arar.
Şekil 01: BLAST Sonuçları
Böylece, bu yazılım çok sayıda benzer yerel bölgeyi arar ve bir eşik değerine ulaşma sonucunu verir. Ancak bu işlem, önce tüm diziyi arayan ve ardından karşılaştırma yapan önceki yazılımdan farklıdır ve bu nedenle çok zaman alır.
Yukarıdaki benzerlik kontrolünün dışında, BLAST'ın DNA haritalama, farklı türlerdeki iki özdeş geni karşılaştırma, filogenetik ağaç oluşturma vb. gibi birçok başka kullanımı vardır.
FastA nedir?
FastA, bir protein dizisi hizalama yazılımıdır. David J. Lipman ve William R. Pearson bu yazılımı 1985'te tanımladılar. Bu yazılımın ilk kullanımı sadece protein dizilerini karşılaştırmak olsa da, değiştirilmiş versiyonu DNA dizilerini de karşılaştırabiliyordu. Burada, bu yazılım iki dizi arasındaki benzerliği istatistiksel olarak bulma ilkesini kullanır. Yerel dizi hizalama yöntemiyle DNA veya proteinin bir dizisini başka bir diziyle eşleştirir.
Şekil 02: HızlıA
Ancak, benzerlik için yerel bölgeleri arar, ancak iki dizi arasındaki en iyi eşleşmeyi aramaz. Bu yazılım zaman zaman yerelleştirilmiş benzerlikleri karşılaştırdığı için uyumsuzluklar da ortaya çıkabilmektedir. Bir dizide FastA, k-tupler olarak bilinen küçük bir parça alır, burada tupleler 1 ila 6 arasında olabilir ve diğer dizinin k-tuple'ları ile eşleşir. Eşleştirme işleminin sonunda bir eşik değerine ulaştığında sonucu üretir.
BLAST ve FastA Arasındaki Benzerlikler Nelerdir?
- BLAST ve FastA, protein ve DNA dizilerini benzerlikler açısından karşılaştırmak için kullanılan biyoinformatik araçlardır.
- Ayrıca, her iki program da diziler arasında karşılaştırma yapmak için bir puanlama stratejisi kullanır.
- Ayrıca, her iki araç da son derece doğru sonuçlar üretir.
BLAST ve FastA Arasındaki Fark Nedir?
BLAST, biyolojik diziler arasındaki benzerliği kontrol eden bir araçtır. FastA ise protein ve DNA dizilerinin benzerlik kontrolünü kolaylaştıran başka bir programdır. Ancak FastA'ya kıyasla BLAST yazılımı daha doğru ve hızlı sonuçlar ürettiği için çok popüler. Dolayısıyla, bu BLAST ve FastA arasındaki farktır. Ayrıca, FastA'dan farklı olarak, BLAST programı kullanıcının ihtiyacına göre değiştirilebilir. Bu nedenle, bu BLAST ve FastA arasındaki başka bir farktır.
BLAST ve FastA arasındaki farkla ilgili aşağıdaki bilgi grafiği daha fazla ayrıntı sağlar.
Özet – BLAST vs FastA
BLAST ve FastA, kullanıcının sorgu dizisini mevcut veri tabanlarındaki dizilerle karşılaştırmasını ve benzerlikleri kontrol etmesini sağlayan iki programdır. FastA'nın ilk amacı sadece protein dizilerini karşılaştırmaktı. Ancak, bu yazılımın değiştirilmiş versiyonu hem protein hem de DNA dizi karşılaştırmalarını kolaylaştırır. FastA iyi bir yazılım olsa da, FastA'dan daha popüler olduğu ve daha doğru ve hızlı sonuçlar ürettiği için çoğu kişi BLAST hizalama aracını kullanır. Ayrıca, BLAST aracı kullanıcı gereksinimlerine göre değiştirilebilir. Kısaca bu, BLAST ve FastA arasındaki farkı özetler.
