Contig ve scaffold arasındaki temel fark, contig'de boşluk olmaması, iskele ise contig ve boşluklardan oluşmasıdır.
Çok hücreli organizmaların genom dizilimi, tek hücreli organizmaların dizilimine kıyasla çok zordur. Tam genomlu av tüfeği dizilimi, çok hücreli genomlar için kolay ve hızlı bir genom dizileme tekniğidir. Üst üste binen birçok DNA fragmanını paralel olarak dizileyen bir yöntemdir. Bu yöntemde, küçük parçalar bir bilgisayar kullanılarak daha büyük parçalara ve daha sonra daha büyük kontiglere birleştirilir. Daha sonra contig'ler yapı iskelelerine ve son olarak bir kromozoma monte edilir. Bu nedenle, contig, sürekli bir nükleotit dizileri dizisidir, iskele ise genomun contig ve boşluklardan oluşan bir kısmıdır. Hem contig hem de iskele yeniden yapılandırılmış genomik dizilerdir.
Contig nedir?
Contig genomik bir dizidir. A, C, G ve T bazlarından oluşan sürekli bir dizi dizisidir. Birkaç küçük örtüşen DNA bitini daha uzun bir dizide bir araya getirerek oluşturulur. Basit bir deyişle, contig, bir dizi dizi parçasının bir birleşimidir. Contig oluşturma, dizilerin örtüşen uçlarını tanımlayan yerel dizi eşleştirme ve hizalama yöntemlerine dayalı olarak örtüşen dizi parçalarının tanımlanmasını içerir.
Contig'lerde boşluk yoktur. Bir iskelenin bir parçasıdır. Bir iskele oluştururken Contig'ler birbirine zincirlenir. Genomdaki kontiglerin göreceli konumu ve yönelimi hakkında ek bilgi gerektirir. Boşluklar, bir iskelede contig'leri ayırır. Temel olarak, bitişik düzenek, tam genomlu av tüfeği dizilişinde önemli bir adımdır. Contig'ler nihayet tam bir genomik diziye monte edilir. Contig derlemesi tipik olarak dize eşleştirme ve dizi hizalamadaki algoritmaların anlaşılmasını gerektirir.
İskele nedir?
Bir yapı iskelesi, son dizilimli tam genomlu av tüfeği klonlarından yeniden yapılandırılmış bir genomik dizilimdir. Yapısal olarak, bir iskele bitişik ve boşluklardan oluşur. Bu nedenle, iskeleler, kontiglerin birbirine zincirlenmesi ve boşluklarla ayrılmasıyla oluşturulur. İskele oluşturma, genomdaki contig'lerin göreceli konumu ve yönelimi ile ilgili bilgiye ihtiyaç duyar. Tüm genom av tüfeği düzeneği, her bir genomik diziyi tek bir iskelede temsil etmeyi amaçlar. Ancak bu pek mümkün değil. Bu nedenle, bir kromozom birkaç iskele ile temsil edilebilir. Bazen iskeleler üst üste gelebilir. Ayrıca, montaj sırasında bazı iskeleler filtrelenebilir.
Şekil 02: Tüm Genom Av Tüfeği Düzeneğine Genel Bakış
İskele boşluğunun uzunluğu, gerçek uzunluğunu göstermez. Genel olarak, boşluklar keyfi olarak belirli sabit uzunluklara ayarlanır. Bu nedenle, uzunluklarındaki bu boşluklar ve belirsizlikler, genomlardaki işlevsel öğelerin gerçek uzamsal ilişkilerini ve eksik bilgilerin gerçek boyutunu anlamada problemler yaratır. Bazen boşluklar eksik genomik bilgiyi temsil eder.
Contig ve Scaffold Arasındaki Benzerlikler Nelerdir?
- Contig ve skafold, nükleotid dizilerinden oluşan genomik dizilerdir.
- İskeleler bitişik ve boşluklardan oluşur.
Contig ve Scaffold Arasındaki Fark Nedir?
A contig, bir dizi dizi parçasından bir araya getirilen sürekli bir dizidir. Buna karşılık, bir yapı iskelesi, contig'leri birbirine zincirleyerek yeniden oluşturulan genomik dizinin bir parçasıdır. Bu, contig ve iskele arasındaki temel farktır. Ayrıca, bir iskeledeki contig'ler boşluklarla ayrılırken, contig'lerin boşlukları yoktur.
Aşağıdaki infografik, contig ve iskele arasındaki daha fazla farkı tablo haline getiriyor.
Özet – Contig, İskeleye Karşı
Hem contig hem de iskele, tam genom dizileme projelerinde yeniden yapılandırılmış nükleotid dizileridir. Contig, boşluksuz A, C, G ve T bazlarını içeren sürekli bir genomik dizi dizisidir. İskele, bitişik ve boşluklardan oluşan genomik bir dizidir. Bu nedenle, en kısa montaj bileşenleri contig iken, iskeleler contig topluluklarıdır. Son olarak, yapı iskeleleri, tüm genom dizilemesinde kromozomlar halinde birleştirilir. Böylece, bu, contig ve iskele arasındaki farkı özetler.
